Molecular tools constitute an universal, unprecedented instrument to study the origin and evolution of biological diversity of complex aquatic systems. These tools, including molecular markers and new theoretical and statistical models to analyze them, have helped to reveal patterns and processes about biodiversity, population genetics, phylogeography and evolution of organisms that inhabit these systems, which previously was not possible with conventional tools. Advances included: 1) the discovery of a large number of species, particularly microorganism, and the knowledge of the complexity and functionality of aquatic microbial communities, 2) the unveiling of the genetic structure to fine-scale, 3) the extension of the knowledge about the phylopatry behavior, the connection between populations and the evolutionary history of gene lineages and 4) the description of the origin, radiation patterns, adaptation and coevolution at macroevolutive scale from different taxa. The continuous improvement of these tools and the integration of other disciplines help to have a more complete vision on biodiversity, ecology and evolution in these systems.
Las herramientas moleculares constituyen un instrumento universal, sin precedentes, que ha revitalizado el estudio del origen y la evolución de la diversidad biológica de los complejos sistemas acuáticos. Estas herramientas, que incluyen marcadores moleculares y nuevos modelos teóricos y estadísticos para analizarlos, han ayudado a revelar patrones y procesos sobre biodiversidad, genética de poblaciones, filogeografía y evolución de los organismos que habitan estos sistemas, lo cual anteriormente no era posible hacer con las herramientas clásicas. Entre los avances obtenidos destacan: 1) el descubrimiento de una gran cantidad de especies, particularmente de microorganismos, y con ello el conocimiento de la complejidad y funcionalidad de las comunidades microbianas acuáticas, 2) la revelación de la estructura genética a escala fina, 3) la ampliación del conocimiento de las conductas filopátridas, la conexión entre poblaciones y la historia evolutiva de los linajes y 4) la descripción del origen, patrones de radiación, adaptación y coevolución a nivel macroevolutivo de diferentes taxones. El continuo mejoramiento de estas herramientas y la integración de otras disciplinas, ayudarán a tener una visión más completa sobre la biodiversidad, ecología y evolución en estos sistemas.